一、實驗室簡介
PI簡介
孫開元博士于2018年獲得美國東北大學(xué)物理學(xué)博士學(xué)位，師從復(fù)雜系統(tǒng)與傳染病建模交叉領(lǐng)域的Alessandro Vespignani教授，博士期間專注于多尺度復(fù)雜系統(tǒng)理論及其在傳染病動力學(xué)中的應(yīng)用。博士畢業(yè)后，在美國國立衛(wèi)生研究院福格提國際中心（Fogarty International Center）擔(dān)任博士后（導(dǎo)師：Cécile Viboud）及研究科學(xué)家，系統(tǒng)開展呼吸道病毒（包括流感病毒、SARS-CoV-2和RSV）的傳播動力學(xué)、免疫保護機制、跨尺度傳播建模與疫情防控策略研究。其代表性成果發(fā)表于《Science》《Nature Medicine》《Science Translational Medicine》《The Lancet Digital Health》等期刊。孫開元博士計劃于2026年2月加入西湖大學(xué)應(yīng)急醫(yī)學(xué)中心，任研究員、助理教授，并兼聘于西湖大學(xué)交叉科學(xué)中心。
實驗室方向
多尺度宿主-病原動力學(xué)實驗室致力于利用數(shù)學(xué)與計算模型，系統(tǒng)揭示感染性疾病，特別是呼吸道病毒的跨尺度傳播與免疫機制，搭建從分子、個體到人群層面的系統(tǒng)建?？蚣堋嶒炇医Y(jié)合數(shù)理建模、流行病學(xué)、生物信息學(xué)與免疫學(xué)的方法，探索病毒進化、免疫保護與疾病傳播之間的動態(tài)關(guān)系。
核心研究方向包括：
呼吸道病毒免疫保護指標（Correlates of Protection, CoPs）建模：?結(jié)合血清學(xué)、流行病學(xué)與臨床數(shù)據(jù)，識別感染與傳播防護相關(guān)的免疫標志物，助力疫苗設(shè)計與評估。系統(tǒng)探索免疫記憶、抗原進化與免疫印記等復(fù)雜免疫現(xiàn)象的動力學(xué)規(guī)律，為新一代疫苗開發(fā)提供理論支撐與方法依據(jù)。
跨尺度感染、免疫與傳播動力學(xué)機制研究：構(gòu)建多尺度數(shù)學(xué)與計算模型，連接個體內(nèi)病毒復(fù)制與免疫應(yīng)答過程至人群層面的傳播與演化動力學(xué)，解析病原體適應(yīng)性演變、抗原漂移與免疫印記等關(guān)鍵過程。
疫情干預(yù)策略的建模與人工智能交叉研究：基于高質(zhì)量流行病學(xué)與行為學(xué)數(shù)據(jù)，構(gòu)建數(shù)據(jù)驅(qū)動的動態(tài)建模平臺，系統(tǒng)量化疫苗接種、非藥物干預(yù)、個體反應(yīng)性行為（reactive behavior）等多因素對疫情傳播動態(tài)的多尺度影響。進一步，融合博弈論與多智能體強化學(xué)習(xí)方法，創(chuàng)新探索疫情響應(yīng)策略的智能模擬與自適應(yīng)優(yōu)化，突破傳統(tǒng)建模與決策體系的局限，顯著提升傳染病預(yù)測、干預(yù)設(shè)計與資源配置的智能化水平，為公共衛(wèi)生政策制定提供更具前瞻性、科學(xué)性與適應(yīng)性的決策支持。
蛋白質(zhì)語言模型在基因組流行病學(xué)與毒株預(yù)測中的應(yīng)用：應(yīng)用蛋白質(zhì)語言模型與分子進化分析方法，預(yù)測病毒適應(yīng)性變異，促進分子演化機制與宏觀傳播動力學(xué)模型的融合，提升對病毒傳播與演化趨勢的前瞻性理解。
傳染病大流行預(yù)警與預(yù)測平臺開發(fā)：集成流行病學(xué)監(jiān)測數(shù)據(jù)、病原體基因組數(shù)據(jù)與人群行為數(shù)據(jù)，開發(fā)動態(tài)風(fēng)險評估與趨勢預(yù)測系統(tǒng)，實現(xiàn)對潛在大流行病原的早期識別、傳播動態(tài)監(jiān)測及智能預(yù)警，支撐全球健康安全與應(yīng)急響應(yīng)體系建設(shè)。
二、招聘崗位及條件
1.招聘崗位：博士后（2-3名）
2.任職條件：
（1）獨立開展課題研究；
（2）協(xié)助培養(yǎng)實驗室學(xué)生及科研助理；
（3）撰寫研究論文、綜述；
（4）參與基金項目申請以及學(xué)術(shù)交流。
3.要求：
（1）年齡不超過35周歲；已取得或即將取得博士學(xué)位；
（2）需符合以下至少一個方向：
方向1（基因組流行病學(xué)）：
具有生物信息學(xué)、基因組學(xué)、流行病學(xué)、微生物學(xué)、計算生物學(xué)等相關(guān)學(xué)科的研究背景。熟練掌握BEAST、Nextstrain、IQ-TREE等主流分析工具，熟悉病毒序列數(shù)據(jù)庫（如GISAID、NCBISRA、CNGB等）。
具有以下研究興趣者將優(yōu)先考慮：
1）利用蛋白質(zhì)語言模型進行病毒進化路徑預(yù)測；
2）探索將分子流行病學(xué)與傳染病動力學(xué)模型融合的方法，以推動對病毒傳播和演化機制的深入理解。
方向2（理論/計算免疫學(xué)）：
具有理論物理、應(yīng)用數(shù)學(xué)、計算生物學(xué)或相關(guān)學(xué)科背景的博士后研究員。需具備定量生物學(xué)建模的研究經(jīng)驗，能夠運用數(shù)學(xué)模型和計算方法開展免疫系統(tǒng)相關(guān)機制的探索。
我們優(yōu)先考慮對以下研究方向感興趣的申請者：
1）利用理論建模揭示機體針對病原體的免疫應(yīng)答規(guī)律；
2）構(gòu)建和分析跨尺度的免疫動力學(xué)模型，以理解免疫記憶、免疫印跡或群體免疫建立過程中的關(guān)鍵機制。
歡迎具備扎實數(shù)理基礎(chǔ)、對生物系統(tǒng)建模充滿熱情、并愿意在交叉學(xué)科環(huán)境中開展開創(chuàng)性研究的博士加入團隊。
三、薪酬待遇
1.根據(jù)個人科研工作能力提供具有市場競爭力的薪酬，具體面議。實驗室將提供穩(wěn)定的工作環(huán)境與一流的研究平臺，協(xié)助申報博士后相關(guān)項目等。
2.學(xué)?？蓞f(xié)助辦理落戶、協(xié)助對接子女的入學(xué)入托服務(wù)工作。
3.學(xué)校提供全方位培養(yǎng)體系，設(shè)立“西湖大學(xué)優(yōu)秀博士后”“西湖優(yōu)秀女性博士后獎”等項目。
四、資助政策
1.博士后可享受杭州市在站博士后資助政策。
2.對獲得中國博士后科學(xué)基金資助和浙江省博士后擇優(yōu)項目資助的，杭州市給予1:1配套資助。
3.對出站留杭（來杭）工作的博士后，杭州市給予每人40萬元補助。
4.對來杭工作符合條件的全球本科及以上學(xué)歷應(yīng)屆畢業(yè)生（含畢業(yè)5年內(nèi)的回國留學(xué)人員、外國人才），杭州市發(fā)放生活補貼，其中博士10萬元。
5.可申請認定杭州市高層次人才，并享受相應(yīng)政策。
五、應(yīng)聘方式
請將以下材料以PDF形式發(fā)送至sunkaiyuan@westlake.edu.cn郵箱，郵件標題請注明：“應(yīng)聘博士后+本人姓名+高校人才網(wǎng)”，對于符合要求并通過初審者，將會通知安排面試。招聘啟事在崗位招滿前有效。【快捷投遞：點擊下方“立即投遞/投遞簡歷”，即刻進行職位報名】
1.個人簡歷；
2.2位同行專家的推薦信；
3.博士學(xué)歷學(xué)位證明材料。
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